Dvacet let po událostech filmu Matrix Revolutions žije Neo zdánlivě obyčejný život Thomase A. Anderson v San Francisku, kde mu terapeut předepisuje modré kapsle. On ani Trojice se navzájem nepoznávají. Morfeus mu však nabídne červenou kapsli a znovu mu otevře mysl do světa Matrixu.
Lily Pierceová už má dost toho, že ji někdo pronásleduje. Rozhodne se znovu spojit se svým odcizeným otcem, zneuznaným profesorem historie, a naučit se čerpat z doby oceli a ostří, kdy rytíři v brnění vyjížděli a utkávali se se svými monstry na život a na smrt.
